Ghost in the Shell opowiada o losie Kusanagi Motoko, która kiedyś była człowiekiem. Obecnie jest cyborgiem, w którym z człowieka nie zostało zbyt wiele. Należy ona do oddziału pod nazwą “Sekcja 9”, jej partnerem jest Batou, również cyborg, ale nie tak wyjątkowy jak Motoko. Oboje zajmują się sprawą “Władcy Marionetek”. Wraz z postępami w śledztwie i wmieszaniem się w sprawę innej agencji rządowej, akcja zaczyna nabierać tempa i dochodzenie staje się jeszcze bardziej niebezpieczne.