Piąta Wojna Świętego Graala w Fuyuki City osiągnęła punkt zwrotny, w którym życia wszystkich uczestników są zagrożone po ujawnieniu się wroga. Gdy Shirou Emiya, Rin Toosaka i Illyasviel von Einzbern odkrywają prawdziwą, zepsutą naturę grasującego po mieście cienia, zdają sobie sprawę, jak tragiczna jest sytuacja. Aby chronić bliskich, grupa musi stawić czoła pozornie niemożliwym do pokonania siłom wroga – nawet jeśli część przeciwników była wcześniej sojusznikami, a może nawet kimś więcej.
Wraz z rozpoczęciem ostatniego aktu tej chaotycznej wojny, ideały, w które wierzy Shirou, zostaną zakwestionowane przez dylemat: czy naprawdę możliwe jest ocalenie świata, w którym wszystko wydaje się być nie takie, jak powinno?