Kilka lat po The Fruit of Grisaia…
To, co kiedyś było „Akademią Mihama”, sanktuarium dla młodych dziewcząt, zostało teraz przekształcone w szkołę szkoleniową SORD (Specjalna Organizacja Badań i Rozwoju) poświęconą rozwijaniu talentów w zakresie obrony narodowej. Rena i Maki specjalizują się w broni palnej, Tohka i Gumi przodują w snajperstwie, Chris zajmuje się materiałami wybuchowymi i przetwarzaniem danych, a Murasaki jest wykwalifikowanym ninja w operacjach wywiadowczych. Razem podejmują się spraw zbyt skomplikowanych dla policji lub Sił Samoobrony, wielokrotnie stawiając czoła niebezpiecznym misjom. Oto historia tych młodych dziewcząt, malowana krwią i prochem strzelniczym.
