Po zniszczeniu ich rodzinnego miasta, przyjaciele z dzieciństwa Kafka Hibino i Mina Ashiro zawierają zobowiązanie, że zostaną oficerami Sił Obronnych – zmilitaryzowanej organizacji, której zadaniem jest ochrona Japonii przed kolosalnymi potworami znanymi jako „kaijuu”. Kilkadziesiąt lat później 32-letni Kafka porzucił marzenia o bohaterstwie. Zamiast tego sprząta szczątki zabitych kaijuu po ich pokonaniu przez dzielnych żołnierzy – w tym Minę, która z powodzeniem osiągnęła ich wspólny cel.
Po spotkaniu z nowym współpracownikiem, Reno Ichikawą, Kafka staje przed lustrem swojego dawnego ja: ambitnym młodym mężczyzną, którego jedynym pragnieniem jest walka jako członek Sił Obronnych. Niestety, obaj wkrótce biorą udział w dziwacznym spotkaniu z zabłąkanym kaijuu. Choć Kafka wykazuje się wrodzonym bohaterstwem i ratuje Reno przed pewną zagładą, sam zostaje ciężko ranny.
Podczas gdy obaj mężczyźni dochodzą do siebie w szpitalu, Kafka zostaje pozornie zaatakowany przez inną bestię. W rezultacie zyskuje zdolność przekształcania się w humanoidalne kaijuu o sile i mocy potężnych potworów zagrażających Japonii. Nazwany przez wojsko „Kaijuu No. 8”, Kafka postanawia wykorzystać swój nowo odkryty dar dla większego dobra. Związani wzajemnym szacunkiem, Kafka i Reno wyruszają, by dołączyć do wojowników takich jak Mina na czele Sił Obronnych.
