Film opowiada dwie odrębne historie.
Ishi Okoshi
Poszukując Nyanko-senseia, Takashi Natsume natrafia na łagodnego i małego youkai, Mitsumiego. Jego pan, Gantetsu, potężny ayakashi, powierzył mu zadanie wypełnienia roli „Kamiennego Wybudzacza”, która polega na wybudzeniu pana z głębokiego snu. Widząc, jak bardzo Mitsumi pragnie dowieść, że jest godnym sługą, Natsume decyduje się mu pomóc. Czasu jest jednak coraz mniej, gdyż nie tylko oni pragną przebudzić bóstwo.
Ayashiki Raihousha
Pewnego dnia przyjaciela Natsume, Kaname Tanumę, odwiedza dziwny mężczyzna. Przez kolejne dni gość prowadzi krótkie rozmowy z Tanumą i wychodzi. Wkrótce Natsume odkrywa, że przybysz jest youkai ukrywającym się pod postacią człowieka, który twierdzi, że nie stanowi zagrożenia. Choć Tanuma ufa youkai, jego stan zdrowia stopniowo się pogarsza, co wywołuje u Natsume podejrzenia wobec intruza. Jaka prawda kryje się ze jego nagłym przybyciem i co łączy go z Tanumą?