Stojące na czele naukowego oraz technologicznego postępu Miasto Akademickie jest szczególnie znane z wytwarzania esperów – osób zdolnych do władania nadludzkimi zdolnościami, będącymi w stanie modyfikować zasady rządzące rzeczywistością. Wśród najpotężniejszych z esperów, znanych jako Poziomy 5, prym wiedzie Accelerator, nawet pomimo utraty sił po poważnym urazie mózgu. Towarzyszy mu młoda dziewczyna, Last Order, na której, wbrew swojemu chłodnemu charakterowi, zależy mu do tego stopnia, że postanowił chronić ją za wszelką cenę.
W czasie gdy Accelerator wraca do siebie po odniesionym urazie, ciemna strona Miasta Akademickiego nie zamierza wiecznie pozostawać w bezczynności, przez co wbrew swojej woli znajdzie się on w samym środku nowego konfliktu. W wyniku konfrontacji z tajemniczą kobietą, próbującą pojmać Last Order, Accelerator, esper postawiony najwyżej w rankingu, będzie zmuszony stanąć naprzeciw groźnej organizacji, sięgającej początkami do AntiSkill, instytucji odpowiadającej za utrzymanie porządku w Mieście Akademickim. Mając przeciwko sobie niebezpieczną grupę, która zagraża Last Order oraz jej siostrom, samozwańczy złoczyńca ponownie wejdzie do ciemnej strony miasta.
