W niedalekiej przyszłości nagły i niewyjaśniony wzrost poziomu morza sprawił, że znaczna część ludzkiej cywilizacji znalazła się pod wodą. Ikaruga Natsuki, chłopiec, który stracił matkę i nogę w wypadku kilka lat wcześniej, wraca rozczarowany z trudnego życia w wielkim mieście, aby znaleźć swój stary wiejski dom w połowie pochłonięty przez morze. Pozostawiony bez rodziny, jedyne co ma, to statek i łódź podwodna pozostawione mu przez babcię oceanologa oraz jej zaciągnięte długi.
Jego jedyną nadzieją na przywrócenie utraconych marzeń o przyszłości jest skorzystanie z okazji, jaką daje mu podejrzana windykatorka Catherine. Wyruszają w rejs, aby odszukać zatopione ruiny należącego do jego babci laboratorium i odnaleźć skarb, o którym krążą plotki. Ale to, co znajdują, to nie bogactwa ani klejnoty; to dziwna dziewczyna leżąca w trumnie na dnie morza. Atri.
Atri jest robotem, ale jej wygląd i bogactwo emocji zmyliłyby każdego, kto pomyślałby, że jest żywą, oddychającą istotą ludzką. W podzięce za uratowanie składa Natsuki deklarację: "Chcę wypełnić ostatni rozkaz mojego pana. Dopóki tego nie zrobię, będę twoją nogą!".
W małym miasteczku, powoli pochłanianym przez ocean, rozpoczyna się niezapomniane lato dla chłopca i tajemniczej dziewczyny-robota...
