Świat, jaki znamy, to tak naprawdę tylko połowa historii, o czym Takeshi Nanase dowiaduje się nagle pewnego letniego poranka. W drodze na trening kendo, Takeshi natyka się na nieprzytomną dziewczynę w mundurze, której nie rozpoznaje. Takeshi robi przyzwoitą rzecz i ratuje ją, a w zamian dziewczyna budzi się i przypadkowo zamienia go w magika-użytkownika.
Jak Takeshi dowiaduje się, jest świat, w którym żyje i świat użytkowników magii. Większość użytkowników magii chce po prostu pokojowo współistnieć z niemagikami, ale są też tacy, którzy mają większe ambicje. Mui Aiba jest magiem zapisanym do Akademii Magii Subaru, gdzie użytkownicy magii mogą nauczyć się kontrolować i kanalizować swoje moce i jak żyć w pokoju z normalnymi ludźmi. Po jego fatalnym spotkaniu z Mui, Takeshi i jego nowo magicznych przyjaciół Kurumi Isoshima i Kazumi Ida decydują się zapisać do Akademii Magii, jak również.
Wszyscy trzej przyjaciele mają różne powody do walki, czy walczą, aby uciec od przeszłości lub dogonić przyszłość. Posiadają różne rodzaje mocy, które muszą nauczyć się okiełznać, aby odeprzeć Ghost Trailers, grupę magików, którzy są gotowi użyć przemocy, aby zaznaczyć swoją wyższość nad ludźmi.
Ścigany przez Zwiastuny Duchów, Takeshi i jego przyjaciele muszą trenować, aby stać się silniejszymi, zmierzyć się z przywódcą Zwiastunów i zapobiec rozpoczęciu drugiej wielkiej wojny magicznej.