Po tym, jak makabryczna wojna siała spustoszenie wśród ogółu ludności, rządy na całym świecie zwróciły się ku bardziej nieuchwytnej taktyce, aby realizować swoje plany — wojnie toczonej w cieniu.
Lily, piękna dziewczyna z białymi lokami, jest uczennicą jednej z wielu instytucji, które szkolą młodzież na zdolnych szpiegów. Niestety, pomimo dobrych wyników na egzaminach pisemnych, z trudem udaje jej się zdać część praktyczną. Nie mając żadnych umiejętności, o których można by mówić w prawdziwym świecie, jej nadzieje na ukończenie studiów są ponure - dopóki nie zaoferuje jej możliwości dołączenia do tajemniczej drużyny „Tomoshibi” i wzięcia udziału w niewykonalnej misji.
Podekscytowana perspektywą pracy z elitą, Lily entuzjastycznie się zgadza. Jednak jest oszołomiona, kiedy przybywa do Pałacu Kagerou, a prawdziwy cel Tomoshibi i ich beznadziejna sytuacja wychodzi na jaw. Wraz z innymi problematycznymi szpiegami oraz tajemniczym młodym mężczyzną kierującym operacją, Lily zdaje sobie sprawę, że nie jest to idealna eskapada, którą sobie wyobrażała.
