Minęły dwa lata od nalotu CCG na Anteiku. Chociaż atmosfera w Tokio zmieniła się drastycznie ze względu na zwiększony wpływ CCG, ghule nadal stanowią problem, ponieważ zaczęły ostrożnie podchodzić, zwłaszcza do organizacji terrorystycznej Aogiri Tree, która przyznaje, że CCG to rosnące zagrożenie dla ich istnienia.
Stworzenie specjalnego zespołu, zwanego Quinx Squad, może zapewnić CCG impuls potrzebny do eksterminacji niechcianych mieszkańców Tokio. Jako ludzie, którzy przeszli operację, aby wykorzystać specjalne zdolności ghuli, uczestniczą w operacjach mających na celu wyplenienie niebezpiecznych stworzeń. Przywódcą tej grupy został Haise Sasaki (Kaneki) po przegranej walce i utracie pamięci został zwerbowany przez inspektora klasy specjalnej - Kishou Arima, otrzymał on specjalne zadanie polegające na sprawowaniu nadzoru nad czwórką nastolatków zwanych Quinx. Jednak dla tego młodego człowieka jest coś więcej, niż na pierwszy rzut oka możliwe jest zobaczyć, ponieważ od rozpoczęcia zadania specjalnego, koszmary wbijają mu się w umysł, powoli przypominając mu osobę, którą był kiedyś.