Piąta Wojna Świętego Graala trwa, a wynikający z niej chaos zwiększa stawkę, o którą walczą uczestnicy. Shirou Emiya wciąż bierze w niej udział, pragnąc zostać bohaterem, który wszystkich uratuje. Wyrusza na poszukiwanie prawdy kryjącej się za tajemniczym cieniem i jego morderczym szaleństwem i jest zdeterminowany, żeby go pokonać.
Tymczasem Shinji Matou wdraża w życie swój plan i szantażuje Shirou wykorzystując swoją siostrę, Sakurę Matou. Emiya i Rin Toosaka walczą z Shinjim, mając nadzieję uwolnić Sakurę z rąk brata. Ale paskudna prawda kryjąca się za rodzeństwem Matou zaczyna wychodzić na jaw, a wiele mrocznych sekretów zostaje ujawnionych.
Fate/stay night Movie: Heaven’s Feel – II: Lost Butterfly kontynuuje wątek walki pozostałych mistrzów i sług w nadziei na zdobycie Świętego Graala. Jednak gdy ciemność coraz mocniej spowija miasto Fuyuki , nawet dotychczasowy przebieg świętej wojny staje się zagrożony.
