Samotnik z liceum otrzymuje pracę na pół etatu jako współczesny ninja, którego zadaniem jest wykonywanie międzynarodowych zabójstw.
Po II wojnie światowej dowództwo aliantów w Japonii opracowało nową agencję, która miała pomóc w walce z terroryzmem i przemocą w regionie Pacyfiku. W agencji pracowali ninja, którzy początkowo mieli zajmować się sprawami wewnętrznymi. Ostatecznie program ten rozrósł się do obecnej formy, zarządzając 20 000 ninja w zakresie spraw krajowych i międzynarodowych. Jednym z tych ninja jest Kudo. Siedemnastoletni nieudacznik z liceum ma teraz stać się kolejną linią obrony przed potencjalnym atakiem zagranicznych zabójców na Tokio.
