Legenda mówi, że kiedy Ziemia została zniszczona, wielki zegarmistrz Y dokonał wymiany z trybików i kół zębatych. Naoto Miura to młody chłopak, który aspiruje do bycia wielkim zegarmistrzem. Jednak pomimo swojego wyjątkowego talentu – wrażliwego słuchu, dzięki któremu może natychmiast zrozumieć mechanikę zegarka na podstawie samego hałasu – dokonał niewielkich postępów. Zmienia się to, gdy trumna spada z nieba do jego mieszkania, odsłaniając RyuZU, żeńską maszynę wykutą przez samego Y.
Wiadomość o przybyciu RyuZU wprowadza do życia Naoto Marie Bell Breguet, utalentowaną spadkobierczynię wybitnej linii zegarmistrzów, a także jej ochroniarza-cyborga Vainneya Haltera. Kiedy ona i Naoto zostają uwikłani w pełną akcji walkę o swoje życie, odkrywają niewygodną prawdę o tym, że mechaniczna planeta, na której ludzkość żyje od ponad tysiąclecia, zaczyna się rozpadać.
