Pewnego słonecznego lipcowego dnia w 41. roku ery Shinka, Jirou Hitoyoshi otrzymuje zadanie potajemnego podsłuchiwania tajnego spotkania między czołowym rządowym naukowcem a szpiegiem przemysłowym. Jednak jego przykrywka zostaje zdemaskowana, a szpieg okazuje się być kosmitą w przebraniu. Pośród wynikającego z tego chaosu Jirou prosi o pomoc kelnerkę z kawiarni i magiczną dziewczynę Kikko Hoshino, jednego z wielu „nadludzi”. którzy wtapiają się w społeczeństwo i potajemnie chronią ludzkość przed pozaziemskimi zagrożeniami. Jako członek agencji rządowej znanej jako Super Population Research Laboratory, Jirou ma podwójne zadanie: chronić nadludzi, którzy bronią ludzkości, i usuwać wszystkich, którzy są zbyt niebezpieczni, by żyć. Udowodniwszy, że jest godnym sojusznikiem, Kikko zostaje zaproszona do agencji jako jej najnowsza rekrutka.
Pięć lat później dezaprobata i niechęć do nadludzi są powszechne w Tokio. Od korupcji rządu i sprzecznych idei sprawiedliwości, po moralność praw nadludzkich, relacje między ludźmi a nadprzyrodzoną mniejszością balansują niepewnie w świecie przesiąkniętym szeptami niepokoju. W tajemniczych okolicznościach Jirou zdradził agencję i teraz ucieka. Kiedy przemyka przez deszczowe zaułki Shinjuku, ścigają go ci sami nadludzie, których sam kiedyś zwerbował.
