Prywatna organizacja wojskowa o nazwie Mithril, wyposażona w najnowocześniejszą broń i wyspecjalizowane oddziały, dąży do wyeliminowania światowego terroryzmu i wszelkich zagrożeń dla pokoju na ziemi. Organizacja jest zasilana przez "Szepczących" - osoby, które posiadają intuicyjną wiedzę i niezwykłą zdolność tworzenia potężnych urządzeń i maszyn.
Siedemnastoletni Sousuke Sagara, sierżant pracujący dla Mithril, został przydzielony do ochrony Kaname Chidori, kandydatki na Szepczącą. Ma dołączyć do jej klasy w liceum i być tak blisko niej, jak to tylko możliwe, aby nie wpadła w ręce wroga - pod warunkiem, że uda mu się bezpiecznie wtopić w tłum kolegów z klasy, nie ujawniając swojej prawdziwej tożsamości.
Sousuke, który został wychowany na polu bitwy i ma bardzo małą wiedzę na temat stylu życia przeciętnego licealisty, musi przystosować się do normalnego szkolnego życia, by chronić Kaname. Jednak siły wroga już rozpoczęły działania, a Sousuke przekona się, że przeciwnik, który chce dopaść Szepczącą Dziewczynę, może być o wiele bardziej znajomy, niż się spodziewa.
