Półtora roku po wydarzeniach poprzedniego sezonu Akane Tsunemori kontynuuje swoją pracę jako inspektor — egzekwując wyroki Sybilli. Dołączają do niej nowi strażnicy i młodszy inspektor Mika Shimotsuki, młoda kobieta ślepo i niezachwianie lojalna wobec systemu. Gdy Akane zastanawia się zarówno nad charakterem swojej pracy, jak i uzasadnieniem wyroków Sybilli, pojawia się niepokojące nowe zagrożenie.
Tajemnicza postać odkryła sposób kontrolowania Współczynnika Przestępczości — liczby opracowanej na podstawie skanów umysłowych, która pozwala Sybilli ocenić zdrowie psychiczne i zidentyfikować potencjalnych przestępców. Za pomocą tych środków jest w stanie zamordować egzekutora, pozostawiając tajemniczą wskazówkę: „WC?” nabazgrane krwią na ścianie.
Akane i reszta 1 Dywizji wkrótce zaczynają grać w śmiertelną grę przeciwko nowemu wrogowi, stając twarzą w twarz z konspiracją zagrażającą nie tylko autorytetowi Systemu Sybilli, ale także fundamentowi własnych przekonań Akane.
