Minęło dziesięć lat od zakończenia Bakumatsu, ery wojny, w której doszło do powstania obywateli przeciwko szogunatowi Tokugawa. Rewolucjoniści chcieli stworzyć czas pokoju i kwitnący kraj wolny od ucisku. Nadszedł nowy wiek Meiji, ale pokój nie został jeszcze osiągnięty. Miecze zostały zakazane, ale ludzie nadal są mordowani na ulicach. Sieroty po weteranach wojennych nie mają dokąd pójść, podczas gdy rząd wydaje się być zadowolony z tego, że po prostu napełnia swoje kieszenie pieniędzmi.
Jeden z wędrownych samurajów, Kenshin Himura, wciąż stara się upewnić, że wartości, o które walczył, są warte życia poświęconego, by zaprowadzić nową erę. Niegdyś znany jako Hitokiri Battousai, był najbardziej bezwzględnym zabójcą spośród wszystkich rewolucjonistów. Teraz prześladowany poczuciem winy, Kenshin przysiągł nigdy więcej nie zabijać, aby odpokutować za życie, które odebrał, i może nigdy nie zaznać spokoju, dopóki zabijanie nie stanie się przeszłością.
Teraz, w 11 roku Meiji, Kenshin natyka się na Kaoru Kamiyę, właściciela i głównego instruktora małego dojo, któremu grozi zamknięcie drzwi. Policja nie jest w stanie powstrzymać serii morderstw popełnionych w imieniu jej dojo przez mężczyznę podającego się za słynnego Battousai. Wędrówki Kenshina zatrzymują się na razie, gdy dołącza do Kaoru, aby oczyścić ich imiona. Ale jak długo może zostać, zanim jego przeszłość go dogoni?
