Simon i Kamina urodzili się i wychowali w wiosce ukrytej głęboko pod ziemią przed legendarną powierzchnią. Kamina to wolny duch pragnący sprawić, że ludzie zapamiętają jego imię, podczas gdy Simon to nieśmiały chłopiec bez większych aspiracji. Pewnego dnia, podczas przekopywania ziemi, Simon wpada na tajemniczy przedmiot, który okazuje się kluczem do uruchomienia starożytnego, wojennego artefaktu, ochrzczonego przez nich imieniem Lagann. Wykorzystując nową broń, Simonowi i Kaminie udaje się odeprzeć niespodziewany atak z powierzchni, w czym pomaga im Yoko Littner, rudowłosa, porywcza dziewczyna, która przemierza świat na powierzchni, dzierżąc potężny karabin.
W wyniku bitwy niebo znajduje się w zasięgu wzroku, skłaniając Simona i Kaminę do wyruszenia w podróż u boku Yoko, by przemierzać pustkowia powierzchni. Wkrótce dołączają do walki przeciw „Zwierzoludziom”, humanoidalnym istotom, które prześladują resztki ludzkości w swoich potężnych robotach zwanych „Gunmenami”. Chociaż na ich drodze stają wyzwania i niepowodzenia, trio dzielnie walczy z nowymi wrogami u boku innych ocalałych, by odzyskać powierzchnię, stopniowo odkrywając galaktyczną tajemnicę.
