W latach 60. utalentowany młody student medycyny próbuje zdobyć sławę. Kuroo Hazama to powściągliwy młody człowiek o niezwykłych czarno-białych włosach, ciele pokrytym bliznami i mrocznej przeszłości. Mimo że jest dopiero studentem medycyny, jego błyskotliwość chirurgiczna zaczyna przyciągać uwagę po przeprowadzeniu pozornie niemożliwej do wykonania operacji. Wraz z utalentowaną i uczciwą stażystką Maiko Okamoto oraz Yabu, bliskim przyjacielem z problemami życiowymi, Hazama poświęca się medycynie.
Jego droga do zostania szanowanym chirurgiem jest jednak trudna, ponieważ Japonia pogrąża się w zamieszkach studenckich, wojnie i korupcji. Hazama szybko znajduje się wplątany w serię nikczemnych okoliczności, które podważają jego uczciwość jako człowieka i jego drogę do zostania chirurgiem. Młody Black Jack opowiada historię człowieka zdolnego do dokonywania niewyobrażalnych wyczynów w medycynie oraz drogę, która prowadzi go do stania się legendą znaną jako Black Jack.
